《国家重点保护野生动物名录》是根据《中华人民共和国野生动物保护法》拟定[註 1]，最早由中国国务院于1988年12月10日批准，于1989年1月14日由原林業部、農業部令第1号首次发布施行[4]。首次发布的名录共收录物种259种（含7亚种，27类），其中国家一级97种（类），国家二级160种（类）[4][2]。
1993年4月14日，中国原林業部發出通知，決定將《瀕危野生動植物種國際貿易公約》（CITES）附錄一和附錄二所列非原產中國的所有野生動物（如袋鼠、鴕鳥、非洲象、斑馬等），分別核准為國家一級和二級保護動物。[5]
2003年2月21日，中国原國家林業局發佈第7號令，將麝科麝屬所有種由國家二級保護動物調整為國家一級保護動物，以全面加強麝資源保護。[6]
2018年5月9日，中国农业农村部通过了提升江豚为国家一级保护动物的专题论证，当下正会同国家林业和草原局，联合上报国务院申请将江豚升级为国家一级保护动物。[7]
2018年10月9日，中国农业农村部制定发布《〈濒危野生动植物种国际贸易公约〉附录水生动物物种核准为国家重点保护野生动物名录》公告。[8]
2020年6月3日，中国国家林业和草原局發佈公告，为加強对穿山甲的保护，經國務院批准，将穿山甲属所有种由国家二级保护动物提升至一级。[9][10]
2021年1月4日经国务院批准, 由国家林业和草原局与农业农村部于2021年2月1日联合发布实施新名录，在全部保留原名录所有物种的基础上，新名录新增517种（类）野生动物。豺、长江江豚等65种由国家二级保护野生动物升为一级。[11][2]
2021年11月16日，农业农村部调整发布《〈濒危野生动植物种国际贸易公约〉附录水生动物物种核准为国家重点保护野生动物名录》公告。[12]